ประวัติโดยสังเขป
โรงเรียนบ่อเกลือ ตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2532 โดยเป็นสาขาโรงเรียนปัว อำเภอปัว จังหวัดน่าน เดิมตั้งอยู่บ้านบ่อหลวง ตำบลบ่อเกลือใต้ กิ่งอำเภอบ่อเกลือ จังหวัดน่าน ทำการสอนระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 มีนักเรียนจำนวน 34 คน มีครูจากโรงเรียนปัวมาดูแล และทำการสอนจำนวน 1 คน คือ อาจารย์ประสิทธิ์ แข็งข้อ ตำแหน่งอาจารย์ 1 และนายพงษ์พัฒน์ ธีรประเทืองกุล ผู้อำนวยการโรงเรียนปัว ทำหน้าที่บริหารโรงเรียน ในปีเดียวกัน กรมสามัญศึกษาได้อนุมัติให้โรงเรียนบ่อเกลือ สาขาโรงเรียนปัว เปิดเป็นโรงเรียนประจำกิ่งอำเภอบ่อเกลือขึ้น โดยประกาศจัดตั้งเป็น โรงเรียนบ่อเกลือ ตั้งแต่วันที่ 30 มิถุนายน 2532 เป็นต้นมา โดยมีอาจารย์ ชาติ ก๋าแก้ว ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และได้รับการบรรจุครูมาทำการสอน จำนวน 6 คน แต่เนื่องจากสถานที่ตั้งโรงเรียนที่บ้านบ่อหลวงนั้นมีพื้นที่คับแคบมาก ไม่สามารถสร้างอาคารเรียนถาวรได้ ในปี พ.ศ. 2533 จึงได้ย้ายไปสร้างอาคารที่บ้านนาขวาง เลขที่ 78 หมู่ 5 ตำบลบ่อเกลือใต้ อำเภอบ่อเกลือ ในดินสาธารณะประโยชน์ ของหมู่บ้านจำนวน 50 ไร่ ซึ่งต่อมาสภาตำบลบ่อเกลือใต้ ได้อนุมัติมอบที่ดินเพิ่มอีก 30 ไร่ บริเวณป่าหลังโรงเรียนรวมเนื้อที่ปัจจุบัน 80 ไร่
ในปี พ.ศ. 2535 กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งนายประมวล จันทะวัง มาดำรงตำแหน่ง ครูใหญ่โรงเรียนบ่อเกลือ แทน นายชาติ ก๋าแก้ว ในปี พ.ศ. 2539 กรมสามัญศึกษา ได้แต่งตั้งให้นายกฤษณเดช วรรณวิไล มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ และวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2541 นาย กฤษเดช วรรณวิไล ได้ลาออกจากราชการ สำนักงานสามัญศึกษาจังหวัดน่าน โดยนาย ยุทธพงษ์ วชิรปัญญาวัฒน์ ผู้อำนวยการสามัญศึกษาจังหวัดน่าน มีคำสั่งแต่งตั้ง นายโกมล สรรคเสรณี ตำแหน่ง อาจารย์ใหญ่โรงเรียนเมืองแงง อำเภอปัว จังหวัดน่าน ในขณะนั้นมารักษาการตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ่อเกลือ ตั้งแต่วันที่ 14 กรกฎาคม 2541 และกรมสามัญศึกษาได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้นายโกมล สรรคเสรณี ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ่อเกลือ ตั้งแต่วันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2541 ต่อมากรมสามัญศึกษาได้มีคำสั่งให้ นายโกมล สรรคเสรณี ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ่อเกลือ ตั้งแต่วันที่ 29 ธันวาคม 2543 ถึงเดือนตุลาคม 2554 ผู้อำนวยการโกมล สรรคเสรณี เกษียณอายุราชการ สพม. 37 และ นายประเทือง ชอบธรรม มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ่อเกลือเมื่อวันที่ 19 ธันวาคม 2554 จนถึงวันที่ ๗ ธันวามคม ๒๕๕๘ และ ได้มีคำสั่งให้ นายพรเทพ เสนนันตา ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ่อเกลือเมื่อวันที่ ๘ ธันวาคม ๒๕๕๘ จนถึงปัจจุบัน
โรงเรียนบ่อเกลือ ได้เปิดทำการสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.1–ม.3) จนมาถึงปี พ.ศ. 2539 (ปีการศึกษา 2540) กรมสามัญศึกษาได้อนุมัติให้โรงเรียนบ่อเกลือ ทำการเปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.4-ม.6) เพิ่มขึ้นอีกระดับหนึ่ง
ในปีพ.ศ. 2539 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศให้กิ่งอำเภอบ่อเกลือ เป็นอำเภอบ่อเกลือ โรงเรียนบ่อเกลือ จึงเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษา สังกัดกรมสามัญศึกษา ประจำอำเภอบ่อเกลือเพียงโรงเรียนเดียว รับนักเรียนที่จบจากชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 จากโรงเรียนประถมศึกษา ในอำเภอบ่อเกลือจำนวน 16 โรงเรียน 3 สาขา โดยเป็นนักเรียนจาก 4 ตำบล และมีนักเรียนบางส่วนจากอำเภอเฉลิมพระเกียรติ และอำเภอใกล้เคียงมาเรียนต่อ
ปัจจุบันโรงเรียนบ่อเกลือเป็นโรงเรียนขนาดเล็ก พื้นที่ที่ตั้งโรงเรียนเป็นภูเขา ทางขึ้น โรงเรียนสูงชัน พื้นที่ทั้งหมด ประมาณ 80 ไร่ แต่มีพื้นที่เป็นที่ราบประมาณ 25 ไร่ นอกนั้นจะเป็นที่ลาดชัน บริเวณโดยรอบเป็นป่าเขา ในบริเวณพื้นที่ของโรงเรียนมีห้วยรีม ไหลผ่านตลอดทั้งแนว โรงเรียนบ่อเกลือ อยู่ห่างจากตัวจังหวัด ประมาณ 120 กิโลเมตร การคมนาคมติดต่อ ใช้การเดินทางโดยรถยนต์ตามถนนที่ลัดเลาะตามไหล่เขา และสันเขา ใช้เวลาในการเดินทางประมาณ 1.30 – 2.00 ชั่วโมง
โรงเรียนบ่อเกลือ เป็นโรงเรียนในโครงการตามพระราชดำริ ของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ซึ่งมีโครงการที่โรงเรียนดำเนินการหลายโครงการ ได้แก่ โครงการอาคารหอพักนักเรียนบ้านไกล โครงการทดลองปลูกไม้ผลเมืองหนาว โครงการเกษตรนักเรียนบ้านพัก โครงการเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อโรงเรียนในชนบท โครงการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อเพื่อพัฒนาการศึกษาและชุมชน โครงการสหกรณ์โรงเรียน เป็นต้น
โรงเรียนจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรกรศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2544 และหลักสูตรแกนกลางสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 โดยเน้นให้นักเรียนเป็นคนดี มีคุณธรรม ควบคู่กับการมีความรู้ความสามารถทางวิชาการ และการงานอาชีพ